1) 원천징수
채권의 이자소득이 발생하면 그 시점에서 이자소득을 지급하는 자가 채권보유자에게 이자를 지급하기 전에 세금을 먼저 징수하고 차액만을 지급하게 되는데 이를 원천징수라고 한다. 또한 채권을 보유하여 세금을 납부해야 하는 자를 납세의무자라고 하며, 국가를 대신하여 원천징수를 하고 일정기간 원천징수한 세금을 모아 세무서에 납부해야 하는 자를 원천징수의무자라고 한다.

일례로 고객이 증권회사에 채권을 예탁하고 있는 경우 이자지급일에 증권회사가 이자를 수령하여 고객에게 지급하게 되는데, 이때 고객은 납세의무자가 되며, 증권회사는 원천징수의무자가 된다.

※원천징수의무자 : 채권을 매수 또는 매도하는 법인 및 이자를 지급하는 자

2) 원천징수 시기
채권이자소득은 소득발생시점인 이자지급일이나 채권을 매도하는 시점마다 원천징수하고 연말에는 개인 또는 법인 소득의 일부로서 다른 소득과 합산하여 종합과세함을 원칙으로 한다.

즉, 일정기간마다 이자를 지급하는 경우 또는 만기 시에는 반드시 원천징수를 해야 하며, 이자를 지급하기 전이라도 채권을 매매하는 경우에는 채권 보유자의 보유기간 이자를 계산하여 해당되는 세금을 원천징수 한다.

3) 세율
현재(2010.1월) 채권의 이자소득에 대한 과세율은 법인의 경우에 법인세 14%이며, 개인은 경우 소득세 14%와 주민세 1.4%의 합계 15.4%이다.

※ 과세표준금액 (보유기간이자소득)
채권의 이자는 발행자가 일정기간마다 또는 만기에 지급하게 되는데, 지급되는 이자는 전 기간에 걸쳐서 발생된 소득으로 볼 수 있다. 그러나 채권은 유통시장을 통해 자유롭게 매매가 이루어지므로 채권의 보유자는 각기 자신이 보유한 기간에서 발생한 이자소득에 대해서만 세금을 납부하면 된다. 따라서 보유기간 동안의 이자를 계산한 금액을 과세표준금액 또는 보유기간 이자소득이라고 한다.